Fue uno de los golpes más duros que debió soportar en su historia centenaria: el 7 de enero de 2003, el Instituto Carlos Pellegrini sufrió un incendio accidental que destruyó por completo la planta alta del pabellón central, y cuyas consecuencias aún se sienten en la actualidad.
El fuego comenzó cerca de las 0.30, en el ala derecha del pabellón central, justo donde estaba emplazada su valiosísima biblioteca, además de un laboratorio antiguo. Desde allí, el siniestro se extendió hacia el resto de la planta afectando a las aulas, la guardilla y la torre que divide a la construcción en forma simétrica.
Si bien los bomberos llegaron a los pocos minutos, a su arribo las membranas, la brea y las vigas de madera hicieron dificultoso su trabajo, haciendo además que las llamas se extendieran con mayor rapidez. Por esto, en pocos minutos se desmoronó el techo, arrasando con todo lo que había en el interior de los cuartos.
Además de las quince dotaciones locales que llegaron hasta el Pellegrini, se debió pedir colaboración a bomberos de zonas aledañas como Escobar, San Fernando, Tigre, General Sarmiento y Villa Ballester. Sin embargo, a pesar del esfuerzo de las casi 40 dotaciones que trabajaron durante toda la noche, no se pudo evitar que se perdieran más de 3 mil libros de gran valor histórico, volúmenes que quedaron reducidos a cenizas en cuestión de segundos. También se quemaron muebles europeos y decenas de documentos.
Andrés López, encargado del patrimonio, detallaba que en la biblioteca "había una colección de escritores antiguos, otra forrada en cuero de 1890, libros de Carlos Pellegrini firmados por él y ejemplares donados que pertenecieron a la biblioteca personal de Bartolomé Mitre”.
"La imagen fue dantesca, el techo se prendía como papel, justo ahora que estaban reciclando todo, que el sueño era verdad”, comentaba entre sollozos Marisa Temprano de Grandi, la directora del Instituto en ese entonces.
Por aquellos años, en el Pellegrini funcionaba la coordinación del Programa de Pequeños Hogares y Amas Externas de zona norte. Además, se dictaban varios cursos y talleres destinados a la comunidad; y el primer año de la carrera de Administración de Empresas de la Universidad de Luján.
Además, apenas diez días antes del incendio, la Fundación Servicio de Paz y Justicia (SERPAJ, a cargo del Premio Nobel de la Paz Adolfo Pérez Esquivel), había sellado un convenio con el Consejo Nacional de la Niñez, Adolescencia y Familia para restablecer el funcionamiento de talleres destinados a adolescentes de la zona que estuvieran bajo riesgo social.
En las horas posteriores al hecho, varios ex alumnos pasaban y no podían evitar llorar al ver el desastre. Aún tres días después, los bomberos debían combatir nuevos focos de incendio, sumado al peligro de derrumbe. Fue sin dudas la jornada más triste de una institución modelo.
